Primero ¿que formato tiene tu save?? Esto va referido al tamaño ya que algunos saves de emuladores NO respetan el estandar requerido 256KB,512KB y 1MB depende el juego (claro hay contados juegos con saves especificos pero no nos concierne en este momento)
Segundo las Ncard creo recordar NO tienen compatibilidad con esos juegos (Claro no recuerdo) funciona si juegas desde cero?? empieza un juego y verifica que salve..Ya que quizas nisiquiera este salvando..
En caso que salve tienes 2 opciones
1.-Prueba convertir el save aqui a ver si te lo acepta
http://www.shunyweb.info/convert.php2.-SI la alternativa anterior no funciona prueba usar pokesav* y similares ya que estas unidades NO tienen soporte para cheats aunque tambien puedes buscar una rom hackeada pero eso puede darte mas problemas que soluciones
*-Te recomiendo busques un tutorial para que no metas la pata