No te preocupes, el matar a la gente de por ahí no trae muchas consecuencias siempre que no sea indispensable para la solución del juego. (Si lo es, te lo dice tras matarlo).
Ese tendero no servirá seguramente para nada en el juego, otros personajes pueden darte misiones alternativas que si quieres haces o no. Así que no te molestes empezando de nuevo el juego.
Ahora que, si te pillan por cualquier otra cosa, te quitarán TODOS los objetos que hayas robado y lleves encima. Da igual cuándo y donde los hayas robado, los guardias te los quitan todos y los dejan en un arcón cerca de la celda.
Reitero en lo dicho...

QUE LLEVES ENCIMA, o lo que es lo mismo en tu inventario.
Yo no soy dado a matar gente por ahí, pero si se ponen pesaos...