@mamertos el formato pbp ocupa menos espacio que bin/cue, así que cuántos más juegos tengas en ese formato más memoria tendrás libre por si quieres ponerle más juegos. Si sólo quieres dejar en la memoria interna los juegos por defecto da igual en qué formato estén.
Aunque un mejor formato de compresión es el chd, ocupa aún menos espacio que el pbp, y para juegos multidisco comprimes cada disco por separado, los pones todos en la misma carpeta y le añades un archivo m3u. El problema es que sólo funciona con RetroArch, el emulador de stock no acepta este formato.